一艘韩国军舰在执行任务时突然失联,船上的船员和军事机密都消失得无影无踪。名侦探柯南和他的小伙伴们接到了韩国警方的委托,前往调查这起神秘的案件。在调查过程中,他们发现了许多线索,但每个线索都指向了一个不同的方向。最终,柯南在军舰的底部发现了一个隐藏的房间,里面竟然是一个巨大的实验室。在实验室里,他们发现了一种新型的病毒,这种病毒可以让人变成杀人机器。柯南意识到,这起案件不仅仅是一起普通的失踪案,而是一起涉及到国家安全的阴谋。然而,当他准备将这个发现告诉韩国警方时,却发现自己已经陷入了一个巨大的陷阱中……